Alkyldiazirine sind photoreaktive funktionelle Gruppen, die häufig beim „photo-affinity labeling“ (PAL) verwendet werden. Sie sind kompakt in der Größe, da sie fast isosterisch zu einer Methylgruppe sind, und sie werden bei einer Wellenlänge (~355 nm) aktiviert, die für Proteine nicht schädlich ist. Photovernetzte Proteintargets werden dann sichtbar gemacht, z.B. durch Fluorophore, Biotin oder radioaktive Markierung. Die Bildung kovalenter Bindungen zwischen den Alkyldiazirinen und entsprechenden Targets ermöglicht die anschließende Reinigung und Identifizierung mit Techniken wie SDS-PAGE, Immunpräzipitation, Biotin-Streptavidin-Affinitätsreinigung und Massenspektrometrie. Alkyldiazirine sind unter typischen Laborlichtbedingungen photostabil, so dass keine Experimente im Dunkeln durchgeführt werden müssen.

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